V oblasti škol je řada státních organizací, které se podílejí na státní správě.
Pro školu nejdůležitější je ředitel školy, který je místním vykonavatelem státní správy ve školství. V některých úkonech (například přijímání žáků) proto musí jednat podle Správního řádu - zákonu, který vymezuje jednání státních orgánů.
Obce a kraje jsou organizace samosprávy, v některých agendách vykonávají roli jakési místní pobočky státu (tzv. přenesená působnost), ale coby zřizovatelé nejsou v podřízené roli vůči ministerstvu školství.
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy je centrální státní orgán zodpovědný za školskou soustavu. MŠMT zřizuje jako účelový orgán mmj. Českou školní inspekci.
Nejde však o jediný ministerský úřad, který se školami zabývá. Školu např. může kontrolovat finanční úřad (Finanční správa - Ministerstvo financí) nebo inspektorát práce (Ministerstvo práce a sociálních věcí). O školy se zajímají také hygienické stanice, jejichž krajská pracoviště spadají pod Ministerstvo zdravotnictví.
Značnou část odpovědnosti a také pravomocí má zřizovatel školy. Pokud jde o obec nebo kraj, jeho činnost může v některých případech kontrolovat či korigovat Ministerstvo vnitra. Zřizovatelem mohou být i některá další ministerstva (Ministerstvo obrany, Ministerstvo vnitra, Ministerstvo spravedlnosti a Ministerstvo práce a sociálních věcí).
Orgánem státu, který nemá exekutivní moc ale jehož působení může mít na školu významný vliv, je Veřejný ochránce práv.